La chiesa è citata in un documento del 1199 come " San Joannes De Ficoccia ",
e fu sottoposta alla parrocchia di San Marcello. Il nome " Ficoccia " deriva da quello della nobile famiglia romana dei " Ficoccia " un cui membro Abate, era titolare della chiesa stessa, anche la via ove sorgeva la chiesa assunse l'appellativo di "Ficoccia".
Da una descrizione del 1600 risulta che la chiesa era a navata unica e non molto estesa: la sua struttura è ancora chiaramente leggibile nell'edificio al N° 29. Nel 1584, presso di esso, fu fondato da papa Gregorio XIII, il collegio dei Maroniti, per la formazione del clero destinato a svolgere attività missionaria in oriente.
I Maroniti costituivano la comunità cristiana più importante del Libano, e la roccaforte, in oriente, del cattolicesimo contro , i musulmani ottomani. Essa fu fondata alla fine del IV secolo da San Marone. IL collegio disponeva, in origine, di due grandi ambienti in una casa adiacente, sulla sinistra della facciata della chiesa ( N N 23-23 A ), la quale fu quindi trasformata in cappella del collegio, ed entrambi ristrutturati nel 1700. Il collegio fu soppresso nel 1808 e fra il 1878 ed il 1930 divenne sede del pontificio collegio Polacco. Recentemente, prima dell'attuale destinazione, il luogo di culto fu trasformato prima in garage e poi in caffè notturno. Nel sottosuolo del complesso, negli anni '70 è stata risistemata un'estesa area archeologica, con ambienti di una ricca domus del III- IV secolo, Tabernae e resti di due strade selciate.Dal 1998 essa è sede del Ristorante "Sacro & Profano".